Основными задачами Министерства являются:

2.1. Разработка и реализация в соответствии с законодательством совместно с заинтересованными республиканскими органами исполнительной власти в пределах их компетенции мер по государственному регулированию производства сельскохозяйственной продукции, оказанию услуг в целях обеспечения населения отечественными продовольственными товарами, обеспечения промышленности - сельскохозяйственным сырьем и содействию устойчивому развитию социальной сферы и инженерной инфраструктуры сельских территорий.

2.2. Содействие формированию в установленной сфере деятельности рыночных отношений, развитию фермерства, личного подворья и иных форм хозяйствования на селе, сельскохозяйственной кооперации, агропромышленной интеграции, организации рынка сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия.

2.3. Содействие в реформировании сельскохозяйственных организаций, проведение работ по финансовому оздоровлению сельскохозяйственных товаропроизводителей, предупреждению банкротства в соответствии с законодательством.

2.4. Осуществление мероприятий по обеспечению организаций в установленной сфере деятельности финансовыми ресурсами, предусмотренными федеральным бюджетом и бюджетом Республики Башкортостан.

2.5. Организация работы совместно с федеральными и республиканскими органами исполнительной власти по финансированию целевых программ и мероприятий.

2.6. Проведение государственной аграрной политики и осуществление государственного управления в области обеспечения плодородия земель, химизации и мелиорации земель, семеноводства сельскохозяйственных культур, развития животноводства и племенного дела, а также в пределах своей компетенции в области предупреждения и ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций в установленной сфере деятельности.

2.7. Формирование и обеспечение реализации во взаимодействии с научными и учебными учреждениями и организациями единой научно-технической и инновационной политики, содействие развитию науки и формированию механизмов государственной поддержки научно-технической и инновационной деятельности в установленной сфере деятельности, интеграции науки и образования, организации подготовки кадров.

2.8. Содействие развитию взаимовыгодных экономических и научно-технических связей с зарубежными странами по вопросам, входящим в компетенцию Министерства.

2.9. Проведение государственной аграрной политики в области развития инженерно-коммуникационных систем, машинно-технологического обеспечения, ресурсо- и энергосбережения в установленной сфере деятельности, внедрение научно обоснованной системы машин для различных агроландшафтных и природно-климатических зон Республики Башкортостан.

2.10. Проведение государственной аграрной политики в области развития социальной сферы и инженерной инфраструктуры сельских территорий, повышение благосостояния, уровня жизни и занятости сельского населения.